1、改善植物蛋白的适口性
（1）适当的热处理能够提高植物蛋白源的适口性。
生豆粕中含有一些影响鱼类食欲的抗营养因子，对其进行适当的热处理，豆腥味会有所减少，可以提高鱼类对其摄食率；膨化或溶剂抽提；微生物发酵。这是目前研究最多，也是行之有效的解决方法。
（2）添加合适的诱食剂。
通过在饲料中添加一定量的诱食剂，诱导鱼类摄食含植物蛋白源较高的饲料。在饲料中添加甜菜碱可以掩盖豆腥味增加动物的摄食量；添加其他蛋白源如乌贼粉、肉骨粉也能提高含大豆制品饲料的适口性。饲料中添加核苷酸粗提取物对凡纳滨对虾生长性能的影响表明，在饲料中添加400mg/kg的核苷酸粗提取物使凡纳滨对虾达到最好的生长性能。在幼建鲤饲料中添加3800mg/kg的色氨酸，结果显著提高了肝胰脏重量、肝体指数、肠重、肠长以及酶活力。在斑点叉尾鮰饲料中添加55.5%的豆粕并补充1%的胆固醇时，显著提高其对饲料的摄食率和饲料效率。
2、消除抗营养因子
根据热稳定性分类，植物蛋白源中的抗营养因子主要有两类：热敏性因子及热稳定性因子。
热敏性因子包括蛋白酶抑制因子、凝集素、抗维生素因子等，热稳定性因子则主要是指植酸、皂甙、抗原蛋白、低聚糖和一些酚类物质。对于热敏性抗营养因子可以通过添加外源酶制剂的方法达到去除的目的。花鲈饲料中添加3000mg/kg复合微生态制剂显著提高了花鲈溶菌酶等免疫指标的活力。在饲料中添加500-2000U/kg植酸酶后，斑点叉尾鮰增重率、特定生长率、蛋白质效率以及各营养物质表观消化率与对照组相比均有显著提高。在对鲈鱼的研究中发现，添加1200mg/kg的非淀粉多糖酶能够显著提高鲈鱼的生长速度，显著提高鲈鱼胃和肠道中淀粉酶的活性。复合益生菌（枯草芽孢杆菌+地衣芽孢杆菌）较单一益生菌更能促进凡纳滨对虾生长。在草鱼饲料中添加芽孢杆菌，可以提高草鱼的免疫力和抗氧化功能，促进草鱼的生长。
3、改善氨基酸平衡
除了通过不同植物蛋白进行复合实现氨基酸的互补外，在水产饲料中往往也通过添加合成氨基酸以降低氨基酸不平衡所引起的负效应。研究表明，植物蛋白复合物高比例替代鱼粉引起动物生长和饲料利用率降低的主要原因之一是其中必需氨基酸含量不平衡导致，而赖氨酸、蛋氨酸、精氨酸和苏氨酸被认为凡纳滨对虾饲料中主要的限制性氨基酸。
目前，关于氨基酸在对虾中的应用效果已有研究。研究表明，豆粕替代50%鱼粉的饲料中添加晶体氨基酸可提高斑节对虾和美洲螯龙虾的增重率。如果饲料中的氨基酸平衡且不影响摄食量，植物蛋白可替代饲料中100%的鱼粉而对大西洋鲑的生长无负面影响。在SPC替代25%鱼粉的饲料中添加晶体氨基酸后，可提高牙鲆对饲料的，氨基酸利用率。同时，对杂交罗非鱼(Oreoehroms niloticus×Oreoechromis aureus)研究也发现，在发酵豆粕替代5%鱼粉的饲料中添加赖氨酸-硫酸盐和轻基蛋氨酸，可提高其增重率和特定增长率；在草鱼实用饲料中添加包膜赖氨酸可提高其增重率和蛋白质效率，并降低饲料系数。在斑节对虾饲料中补充包膜氨基酸显著提高了增重率。在大菱鲆饲料中用晶体氨基酸替代饲料蛋白研究中发现，其增重率以及特定生长率与对照组无显著差异。通过氨基酸平衡可显著提高草鱼对蛋白质和氨基酸的利用，可促进草鱼生长、节约饲料蛋白、降低养殖成本在黑鲷饲料中添加赖氨酸和蛋氨酸，显著提高了其蛋白质效率和增重率，降低了饲料系数。
