秋高气爽的时节，是食用菌生产比较热闹的时期。秋季出菇异彩纷呈，冬季栽培制种如火如荼，较多品种的发菌正在进行。本季应以发菌管理为重点，正在出菇和准备出菇的应不失时机做好管理，确保理想出菇。
一、出菇管理
早秋平菇该阶段的管理重点应强调一个“水”字：常规栽培的，出菇后菌袋失水严重，应采取浸泡或注射等方法予以补水，以期获得较高产量。暴发出菇生物学效率在100%以上的，可清理菌袋，及时将下批平菇转入出菇管理。9月播种的平菇，应尽量控制，使之进一步菌丝后熟，最大限度地积累营养，为10月出菇奠定基础。
金针菇大部分金针菇出菇已进入尾声，约有1/3的金针菇还在出菇。用冷库反季节栽培金针菇的最大难度是水分管理，据8月调研，部分金针菇出菇场所湿度偏低，导致产量不尽人意。其中主要有两大问题：一是湿度测量时主要位置多在1.5米高度，而冷库内的温度呈上高下低状态，用水多采取地面洒水的办法，使得高层的温度偏高而湿度偏低。二是目前棉子壳原料多为大壳、短绒，吸水率低，约30%左右，而且持水性差，导致菌袋内水分“先天不足”。
双孢菇9月上旬播种的双孢菇，10月中下旬出第一潮菇。注意出菇后对畦床进行有效补水，以利出第二潮菇。
木耳类由于温差较大，无论是黑木耳还是毛木耳，生长速度都变慢，此时不要喷水过多，以延长生长期，最大限度地提高产量。
香菇高温型香菇已进入末期管理，由于温度变低、温差变大，香菇质量将会因此而提高。但要注意，10月初进行最后一次泡袋后，强化低温管理，可以长出一批高品质的鲜菇，随即应清棚，进行消毒杀菌处理，10月底即可准备将低温型香菇菌株的菌袋移进棚。
二、发菌管理
菌种无论二级种还是三级种，均应注意，湿度大对菌种是不利的，应加强通风管理，有条件的应进行降湿处理。要严格剔杂，尤其要防范链孢霉等毁灭性杂菌的发生，一旦发现，要立即用塑料袋慢慢套住污染菌袋，移到棚外进行销毁处理。
香菇低温型香菇发菌多已完成，此时应密切注意温度变化，本着“就低不就高”的原则，调整发菌温度，宁可延长发菌时间，也不要因温度高导致菌袋受损。个别地区的香菇进入后熟期或转色期，应设法降低温度，根据菌丝的生长状况，适时适度打孔，并拉大温差和湿度差，以利菌丝的生理转换。
中低温型平菇常规管理即可，注意不要码袋，严防烧菌。发菌棚覆盖防虫网，并每3天左右喷洒1次高效氯氰菊酯，以防菇蚊等害虫的侵袭。
双孢菇部分延期栽培的双孢菇可于10月中旬前后播种，管理重点是防止病虫侵袭。每5天左右喷洒1次百病傻300倍液，预防杂菌滋生。
