棚室辣椒移栽以后，通常由于温度、湿度等条件适宜，极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死，不但延误季节,而且会造成严重减产。因此，对于这些根部病害应及早采取措施加以有效防控。
主要病症
根腐病：根腐病一般在辣椒定植后至采果盛期发生，染病植株的枝叶白天发生萎蔫，傍晚至次日凌晨恢复，反复多日后导致整株枯死。观察根部，病株的根及根茎部皮层呈浅褐色至褐色腐烂，而且易剥离，多由侧根蔓延至主根。
青枯病：青枯病是一种细菌性病害，苗期症状表现不明显，定植后从主根基部开始逐步枯死，根茎的表层不变色，纵剖根茎部，可见维管束变成暗褐色。
疫病：染病后植株根茎部初呈水渍状，后变黑褐色很快绕茎一周，病部稍缢缩，造成整个植株萎蔫枯死。在为害根茎部的同时，还为害植株的茎杈分枝，一般表现为褐色或黑褐色条形病斑。
防治方法
坚持合理轮作：前茬以种植十字花科和豆科作物以及葱、蒜等为宜,尽量避免与茄果类、瓜类等作物连作。
加强棚室管理：随时做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，以控制病害发生条件；科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌，严防土壤积水；注意做好浅中耕，避免土壤板结，但不要过早过深培土；增施以有机肥为主的磷钾肥料，促进根叶稳健生长,增强植株抗性。
注意清理田园：随时掌握辣椒生长状况，一旦发现病株要及时拔除，带到棚外集中烧毁或深埋，并随即清除病穴土壤，喷灌石灰水或用药剂对病穴进行消毒处理，以控制病菌的传播蔓延。
做好药剂防治：对辣椒根部病害要早发现、早防治，要抓住发病初期及时用药防治。一般防治根腐病可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3～4次；对青枯病可用绿乳铜600倍液，或抗菌剂“401”500倍液,或70%代森锰锌500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次,连灌3～4次；对辣椒疫病可用50%甲霜铜可湿性粉剂500倍液，或50%甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600~800倍液灌根，每次每株灌0.5公斤，可7天灌1次，连灌3～4次。注意：药剂要交替使用。
